Μπορεί τα φωτοβολταϊκά να είναι η ταχύτερα αναπτυσσόμενη τεχνολογία ΑΠΕ, αλλά αυτό δεν σημαίνει ότι δεν έχουν σοβαρά μειονεκτήματα.
Για παράδειγμα, η παραγωγή τους έχει σημαντικό περιβαλλοντικό αποτύπωμα και -ειδικά στην Ελλάδα- κανείς δεν ξέρει τι θα γίνει με τη διαχείριση των «τοξικών» αποβλήτων φωτοβολταϊκών πάνελ μόλις παρέλθει ο ωφέλιμος χρόνος ζωής τους σε περίπου 20 χρόνια από σήμερα.
Επίσης, η αποδοτικότητά τους είναι σχετικά χαμηλή σε βορειότερους γεωγραφικούς παραλλήλους και γενικά σε περιοχές με χαμηλά επίπεδα ηλιοφάνειας.